নিঞ্জা কচ্ছপ তাদের পরবর্তী নিয়োগ থেকে ফিরে এসেছিল এবং তাদের শিক্ষক স্প্লিন্টার অনুপস্থিত ছিল। ম্যানহাটানে সম্প্রতি অস্থির, সেখানে অনেক মিউট্যান্ট এবং তাদের পিছনে কেউ ছিল। কচ্ছপের একটি দল ইতোমধ্যে বেশ কয়েকটি ভয়ানক পরিকল্পনা বাতিল করেছে এবং অদৃশ্য শত্রু তাদের ইন্দোনেশিয়ার অপহরণ করে প্রতিশোধ নেওয়ার সিদ্ধান্ত নিয়েছে।
