এখন পর্যন্ত, মারিওকে কেবল দুষ্ট মাশরুম, শামুক এবং তার শাশ্বত শত্রু বাউসারের অন্যান্য ছোটদের সাথে মোকাবিলা করতে হয়েছিল। কিন্তু সুপার মারিও কমান্ডারে তার অপেক্ষার তুলনায় এগুলি কেবল ফুল। মারিও দুনিয়ায় অপ্রত্যাশিতভাবে মহাকাশ থেকে একটি প্রতারণামূলক আক্রমণ করা হয়েছিল। ভয়ঙ্কর এবং দুষ্ট প্রাণী, দাঁতে সজ্জিত, একসময় শান্তিপূর্ণ রাজ্যে ধ্বংসযজ্ঞ চালিয়েছিল। মারিওকে একটি মারাত্মক অস্ত্র হাতে নিতে হবে এবং একজন সুপার হিরোর ভূমিকা পালন করতে হবে। এবং তার সফল হওয়ার জন্য, প্লাম্বার মাস্টারকে নিজের জন্য একটি নতুন ভূমিকা নিতে সহায়তা করুন। মহাকাশ জলদস্যুদের প্ল্যাটফর্মগুলি পরিষ্কার করা এবং সুপার মারিও কমান্ডারে পৃথিবীকে আবার পৃথিবীতে ফিরিয়ে আনা প্রয়োজন।
