গেমের নায়ক কাউন্টার-স্ট্রাইক: রিবুটকে আপনার সাহায্যে বারোটি মিশনে অংশ নিতে হবে। যেহেতু বিষয়বস্তুটি কঠোরভাবে গোপন রাখা হয়েছে, আপনি আগের মিশনটি সম্পূর্ণ করার সাথে সাথে লক্ষ্যগুলি প্রকাশ করা হবে। প্রথমটিকে আলফা বলা হয় এবং আপনার কাজ হল সন্ত্রাসীদের আক্রমণ প্রতিহত করা যারা আপনার ঘাঁটি দখল করতে চায়। অন্যান্য মিশনে আপনাকে অন্যান্য কাজ করতে হবে, যেমন: জিম্মি মুক্ত করা, সন্ত্রাসী ঘাঁটি ধ্বংস করা, মাইন পরিষ্কার করা ইত্যাদি। সমস্ত মিশন সময়ের মধ্যে সীমিত, আপনাকে কাউন্টার-স্ট্রাইক: রিবুট-এ দ্রুত এবং দক্ষতার সাথে সমস্যার সমাধান করতে হবে।