AtomLinker গেমটি ছোট হতে পারে, অথবা এটি অনির্দিষ্টকালের জন্য চলতে পারে। এটি সব আপনার মনোযোগ এবং দক্ষতার উপর নির্ভর করে। খেলার মাঠ রাসায়নিক উপাদানের নাম দিয়ে স্কোয়ারে পূর্ণ। এগুলিকে তিনটি বা ততোধিক অভিন্ন চেইনে সংযুক্ত করুন। প্রাথমিকভাবে, আপনি খেলার জন্য পঁচিশ সেকেন্ড সময় পাবেন, তবে আপনি যদি চার বা তার বেশি উপাদানের চেইন তৈরি করতে পারেন তবে সময় যোগ করা হবে। খেলার মাঠ থেকে চোখ সরিয়ে নেবেন না যাতে পরবর্তী চেইনটি মিস না হয়। উপাদানগুলি সরানোর পরে, AtomLinker-এ টাইল বিন্যাস পরিবর্তন হবে।