সাহসী নিনজা তার সততা এবং নিরীহ মানুষের ক্ষতি করে এমন সবকিছুর প্রতি আপসহীন মনোভাবের কারণে অনেক শত্রু তৈরি করেছিল। Ninjas Return গেমটিতে আপনি নায়কের সাথে তার জীবনের অন্ধকারতম দিনে দেখা করবেন। তিনি বাড়িতে ফিরে আসেন, কিন্তু তার পরিবারের সাথে একটি আনন্দদায়ক সাক্ষাতের পরিবর্তে, তিনি প্রত্যক্ষ করেন কিভাবে তার শত্রু, ব্ল্যাক নিনজা, তার স্ত্রীকে অপহরণ করে এবং তাকে অজানা দিকে নিয়ে যায়। নায়ক অবিলম্বে তাড়া করতে যায়, কিন্তু শত্রু প্রস্তুত, সে নিনজাস রিটার্নে তার মিনিয়ন এবং বন দানবদের সাহায্যে নায়ককে থামানোর চেষ্টা করবে।
