কিয়োটো নামের একটি সাহসী নিনজাকে একটি উঁচু ভবনের ছাদে উঠতে হবে। আপনি গেম নিনজা আপ এই সাহসিক চরিত্রে সাহায্য করবে. আপনার সামনে, মাটিতে দাঁড়িয়ে থাকা আপনার নিনজা পর্দায় দৃশ্যমান হবে। একটি সংকেতে, আপনার চরিত্র একটি নির্দিষ্ট উচ্চতায় লাফানো শুরু করবে। আপনাকে মাউস দিয়ে নিনজার নিচে একটি লাইন আঁকতে হবে। যত তাড়াতাড়ি আপনি এটি আঁকা, একটি বিশেষ রাবার দড়ি প্রদর্শিত হবে। আপনার নায়ক, এটির উপর পড়ে, লাফিয়ে উঠবে এবং উড়ে যাবে। তাই নিনজা আপ গেমটিতে এই দড়িগুলি আঁকতে আপনি ধীরে ধীরে নায়ককে বিল্ডিংয়ের ছাদে উঠতে সাহায্য করবেন। একই সময়ে, পথ ধরে, আপনাকে নিনজাকে খেলার মাঠের বিভিন্ন জায়গায় বাতাসে ঝুলে থাকা আইটেমগুলি সংগ্রহ করতে সহায়তা করতে হবে। খেলায় তাদের নির্বাচনের জন্য নিনজা আপ আপনাকে পয়েন্ট দেবে।